Terminologie

Vysvětlení serverů terminologie FHIR: $lookup, $validate-code, $expand, $translate a $subsumes s požadavky

Server terminologie obsahuje kódové systémy (SNOMED CT, LOINC, ICD-10), sady hodnot a mapování konceptů a odpovídá na dotazy o kódech prostřednictvím operací FHIR. Co každá operace dělá, příklady požadavků, jaké servery existují (tx.fhir.org, Ontoserver, Snowstorm, HAPI) a jak je aplikace používají.

od Publikováno Přečteno za 6 min

Krátká odpověď: terminologický server je FHIR server specializovaný na kódy. Ukládá CodeSystems (SNOMED CT, LOINC, ICD-10, UCUM, vlastní tabulky HL7), ValueSets (pojmenované podmnožiny pro daný účel: kódy vitálních funkcí, alergenní látky) a ConceptMaps (překlady mezi systémy) a odpovídá prostřednictvím standardních operací: $lookup (co tento kód znamená?), $validate-code (je tento kód povolen zde?), $expand (seznam kódů v tomto hodnotovém souboru, volitelně filtrovaný podle textu), $translate (co je tento kód v jiném systému?) a $subsumes (je A druhem B?). Aplikace jej volají místo toho, aby si samy posílaly kopie terminologií, které jsou rozsáhlé, licencované a aktualizované několikrát ročně.

Zdroje

Server terminologie FHIR pracuje se třemi zdroji. CodeSystem deklaruje kódový systém pomocí kanonické URL a verze, s jeho koncepty nebo poznámkou, že obsah je držen jinde; ValueSet definuje účelový podskup kódů pomocí pravidel skládání a volitelného rozšíření; ConceptMap zaznamenává vztahy ze zdroje do cíle mezi systémy s ekvivalencí pro každé mapování.

  • CodeSystem deklaruje systém svým kanonickým URL (http://snomed.info/sct, http://loinc.org, http://hl7.org/fhir/sid/icd-10), jeho verzi a buď jeho koncepty, nebo prohlášení, že obsah je uložen jinde (content: not-present pro licencované systémy).
  • ValueSet má compose (pravidla: zahrnout všechny kódy ze systému, specifické kódy nebo filtr jako potomci 404684003 Klinické zjištění) a po výpočtu expansion (aktuální seznam). Vazby v profilech odkazují na hodnotové sady; viz FHIR profily a rozšíření.
  • ConceptMap obsahuje vztahy zdroj → cíl s ekvivalencí (equivalent, wider, narrower, inexact, unmatched) a volitelnými závislostmi pro mapování, jako je SNOMED CT na ICD-10 nebo lokální kódy laboratoře na LOINC.

Operace s požadavky

Server terminologie FHIR odpovídá na pět standardních operací: $lookup vrací význam jednoho kódu, $validate-code kontroluje, zda kód patří do systému nebo hodnotové sady, $expand vypisuje kódy v hodnotové sadě, volitelně filtrované podle textu, $translate převádí kód do jiného systému prostřednictvím ConceptMap a $subsumes testuje, zda je jeden koncept druhem jiného.

$lookup: podrobnosti o jednom kódu.

GET /CodeSystem/$lookup?system=http://loinc.org&code=4548-4

Vrací zdroj Parameters s display ("Hemoglobin A1c/Hemoglobin.total v krvi"), označením v jiných jazycích a vlastnostmi (pro LOINC šest os; pro SNOMED CT rodiče a definující vztahy).

$validate-code: je kód v systému, nebo v hodnotové sadě?

GET /ValueSet/$validate-code?url=http://hl7.org/fhir/ValueSet/observation-vitalsignresult&system=http://loinc.org&code=8480-6

Vrací result: true s popisem, nebo false se zprávou. Servery, které ověřují zdroje, toto volají pro každý vázaný prvek.

$expand: kódy v hodnotové sadě s filtrováním textu pro vyhledávací pole.

GET /ValueSet/$expand?url=http://hl7.org/fhir/ValueSet/condition-code&filter=diabetes&count=20

Vrací ValueSet se seznamem expansion.contains: kód, systém, popis. Takto funguje vyhledávání diagnóz v EHR proti SNOMED CT bez lokálního uložení 360 000 konceptů.

$translate: překročení hranice systému.

GET /ConceptMap/$translate?url=https://lab.example.org/ConceptMap/local-to-loinc&system=https://lab.example.org/codes&code=GLU&targetsystem=http://loinc.org

Vrací shody s jejich ekvivalencí. Stejná operace slouží pro mapování SNOMED CT → ICD-10, kde je server hostuje.

$subsumes: dotazy na hierarchii.

GET /CodeSystem/$subsumes?system=http://snomed.info/sct&codeA=73211009&codeB=44054006

Odpovídá subsumes (diabetes mellitus je předkem diabetu 2. typu), subsumed-by, equivalent nebo not-subsumed. Podpora rozhodování ji používá k dotazu je toto onemocnění nějaký druh diabetu? bez výčtu každého podtypu.

Odpovědi jsou zdroje Parameters: seznam pojmenovaných částí, nikoli prostý objekt, což překvapí první volající.

Servery, se kterými se setkáte

Servery terminologie, se kterými se v praxi setkáte nejčastěji, jsou tx.fhir.org, veřejný referenční server HL7 používaný jeho validátorem; Ontoserver od CSIRO, komerční server stojící za několika národními programy; Snowstorm od SNOMED International, open source a nativní pro SNOMED CT; obecné FHIR servery jako HAPI FHIR a Firely Server s operacemi terminologie; a národní servery spravované zdravotnickými agenturami.

Server Kdo Poznámky
tx.fhir.org HL7 (referenční) Veřejný, používán validátorem HL7 a IG Publisher; LOINC, SNOMED CT (kde je licencováno), tabulky HL7, UCUM. Není určen pro produkční provoz
Ontoserver CSIRO (Austrálie) Komerční; používán národními programy (Austrálie, UK NHS Ontology Server, Nizozemsko, Belgie); plný SNOMED CT s dotazy ECL
Snowstorm SNOMED International Open source; nativní pro SNOMED CT s FHIR API; pohání oficiální prohlížeč
HAPI FHIR, Firely Server, Microsoft/Google/AWS FHIR služby Dodavatelé Obecné FHIR servery s terminologickými operacemi; načtěte si kódové systémy sami
Národní servery Ministerstva zdravotnictví a agentury Často Ontoserver nebo Snowstorm s národním vydáním a lokálními hodnotovými sadami

Obsah je složitá část: SNOMED CT vyžaduje licenci mimo členské země, LOINC vyžaduje přijetí jeho podmínek, národní varianty ICD-10 mají vlastní distribuci. Server vám poskytne operace; obsah si stále musíte legálně pořídit a načíst.

Jak je aplikace používají

Aplikace používají server terminologie k validaci kódů a jednotek při zápisu, k napájení vyhledávacích polí prostřednictvím $expand s textovým filtrem a hodnotovou sadou, k zobrazení oficiálních názvů prostřednictvím $lookup, k mapování lokálních kódů na LOINC nebo SNOMED CT na ICD-10 prostřednictvím $translate a k uvažování o hierarchiích prostřednictvím $subsumes a jazyka Expression Constraint Language SNOMED CT.

  • Ověření při zápisu: odmítnout Observation, jejíž LOINC kód neexistuje nebo jejíž jednotka není UCUM, se zprávou, která pojmenuje problém.
  • Vyhledávací pole: $expand s filter pro výběr diagnóz, procedur a léků, omezený hodnotovou sadou, takže lékaři vidí pouze relevantní koncepty.
  • Zobrazení: $lookup pro zobrazení oficiálního názvu a překladů místo ukládání textových řetězců, které zastarávají.
  • Mapování: $translate pro převod lokálních laboratorních kódů na LOINC při importu (jak mapovat lokální laboratorní kódy na LOINC) nebo SNOMED CT na ICD-10 pro účely reportování (SNOMED CT vs ICD-10).
  • Odůvodnění: $subsumes a Expression Constraint Language (ECL) SNOMED, podporovaný Ontoserverem a Snowstormem prostřednictvím filtrů $expand, pro definování kohort a pravidel podle hierarchie.

Agresivně cachujte (terminologie se mění dvakrát ročně, ne dvakrát denně), v produkci připínejte verze a výpadek serveru považujte za zhoršené ověřování, nikoli za důvod k odmítnutí každého zápisu.

V Anpheros

Anpheros Platform ověřuje LOINC kódy a UCUM jednotky, které přijímá pro pozorování, a ATC kódy pro léky proti terminologii, kterou dodává (podmnožina LOINC a WHO ATC index), a dokumentuje své terminologické API na vývojářském webu. Pro prohlížení plného SNOMED CT nebo ICD-10 odkazuje na oficiální prohlížeče namísto přerozdělování licencovaného obsahu.

Související stránky

Zdroje

Časté otázky

Potřebuji terminologický server k použití FHIR?

Ne pro malý systém s pevným seznamem kódů. Jakmile začnete ověřovat kódy z velkých systémů, nabízet klinické vyhledávání nebo překládat mezi systémy, terminologický server vám ušetří nutnost posílat a aktualizovat terminologie sami.

Mohu použít tx.fhir.org v produkci?

Ne. Je to referenční server HL7 pro validační nástroje a testování, bez záruk služby a s licenčními omezeními na některý obsah. Provozujte svůj vlastní nebo použijte národní či komerční.

Co je ECL?

Expression Constraint Language SNOMED CT, dotazovací syntaxe pro sady konceptů (například << 73211009 pro diabetes a všechny jeho podtypy). Servery, které ji podporují, přijímají ECL ve filtrech ValueSet a $expand.

Jak poznám, kterou verzi SNOMED CT server má?

Zeptejte se CodeSystem (GET /CodeSystem?url=http://snomed.info/sct) a přečtěte si jeho verzi, která kóduje edici a datum vydání (například http://snomed.info/sct/900000000000207008/version/20260301). V požadavcích ji připněte, pokud musí být výsledky reprodukovatelné.

Anpheros Platform

Vyzkoušejte zdarma v sandboxu

První volání FHIR za 5 minut. API standardu HL7 FHIR R4 s integrovaným souhlasem pacienta: vyzkoušejte si ho v sandboxu a poté propojte svou vlastní aplikaci nebo klinický systém.

Zdarma · 30 syntetických pacientů · bez karty

Tento návod slouží pouze pro informační účely a nenahrazuje lékařskou radu. Ohledně rozhodnutí o svém zdraví se poraďte se svým lékařem. V naléhavém případě volejte místní tísňové číslo (v Evropě 112).
Napsal
Tým Anpheros

Anpheros vytváří zdravotní záznamy, které pacient ovládá a může sdílet s jakoukoli klinikou, na platformě HL7 FHIR R4 se sídlem v EU. Tyto průvodce vám pomohou porozumět vašemu zdraví a uspořádat si ho; nenahrazují vašeho lékaře.

O Anpheros →