Terminológia

Vysvetlenie FHIR terminologických serverov: $lookup, $validate-code, $expand, $translate a $subsumes, s požiadavkami

Terminologický server obsahuje kódové systémy (SNOMED CT, LOINC, ICD-10), súpravy hodnôt a mapovania konceptov a odpovedá na otázky o kódoch prostredníctvom FHIR operácií. Čo robí každá operácia, príklady požiadaviek, aké servery existujú (tx.fhir.org, Ontoserver, Snowstorm, HAPI) a ako ich aplikácie používajú.

od Zverejnené 6 min čítania

Krátka odpoveď: terminologický server je FHIR server špecializovaný na kódy. Ukladá CodeSystems (SNOMED CT, LOINC, ICD-10, UCUM, vlastné tabuľky HL7), ValueSets (pojmenované podmnožiny na určitý účel: kódy vitálnych funkcií, alergény) a ConceptMaps (preklady medzi systémami) a odpovedá prostredníctvom štandardných operácií: $lookup (čo znamená tento kód?), $validate-code (je tento kód povolený tu?), $expand (vypíš kódy v tomto value sete, voliteľne filtrované podľa textu), $translate (aký je tento kód v inom systéme?) a $subsumes (je A druhom B?). Aplikácie ho volajú namiesto toho, aby si sami posielali kópie terminológií, ktoré sú rozsiahle, licencované a aktualizované niekoľkokrát ročne.

Zdroje

FHIR server pre terminológiu pracuje s tromi zdrojmi. CodeSystem deklaruje kódový systém pomocou kanonickej URL a verzie, s jeho konceptmi alebo poznámkou, že obsah je uložený inde; ValueSet definuje účelový podtriedu kódov prostredníctvom pravidiel skladby a voliteľného vypočítaného rozšírenia; ConceptMap zaznamenáva vzťahy zo zdroja do cieľa medzi systémami s ekvivalenciou pre každé mapovanie.

  • CodeSystem deklaruje systém pomocou kanonického URL (http://snomed.info/sct, http://loinc.org, http://hl7.org/fhir/sid/icd-10), jeho verziu a buď jeho koncepty, alebo vyhlásenie, že obsah je uložený inde (content: not-present pre licencované systémy).
  • ValueSet má compose (pravidlá: zahrň všetky kódy zo systému, konkrétne kódy, alebo filter ako potomkovia 404684003 Klinické zistenie) a po výpočte expansion (skutočný zoznam). Väzby v profiloch odkazujú na value sety; pozri FHIR profily a rozšírenia.
  • ConceptMap obsahuje vzťahy zdroj → cieľ s ekvivalenciou (equivalent, wider, narrower, inexact, unmatched) a voliteľnými závislosťami, pre mapovania ako SNOMED CT na ICD-10 alebo lokálne kódy laboratória na LOINC.

Operácie s požiadavkami

FHIR server pre terminológiu odpovedá na päť štandardných operácií: $lookup vráti význam jedného kódu, $validate-code skontroluje, či kód patrí do systému alebo hodnotovej sady, $expand vypíše kódy v hodnotovej sade, voliteľne filtrované podľa textu, $translate prevedie kód do iného systému prostredníctvom ConceptMap a $subsumes testuje, či je jeden koncept druhom iného.

$lookup: podrobnosti o jednom kóde.

GET /CodeSystem/$lookup?system=http://loinc.org&code=4548-4

Vráti Parameters resource s display ("Hemoglobín A1c/Hemoglobín.celkový v krvi"), označeniami v iných jazykoch a vlastnosťami (pre LOINC šesť osí; pre SNOMED CT rodičov a definujúce vzťahy).

$validate-code: je kód v systéme, alebo vo value sete?

GET /ValueSet/$validate-code?url=http://hl7.org/fhir/ValueSet/observation-vitalsignresult&system=http://loinc.org&code=8480-6

Vráti result: true s označením, alebo false so správou. Servery, ktoré validujú zdroje, toto volajú pre každý viazaný prvok.

$expand: kódy vo value sete, s textovým filtrovaním pre vyhľadávacie polia.

GET /ValueSet/$expand?url=http://hl7.org/fhir/ValueSet/condition-code&filter=diabetes&count=20

Vráti ValueSet so zoznamom expansion.contains: kód, systém, označenie. Takto funguje vyhľadávanie diagnóz v EHR voči SNOMED CT bez lokálneho ukladania 360 000 konceptov.

$translate: prekročenie hranice systému.

GET /ConceptMap/$translate?url=https://lab.example.org/ConceptMap/local-to-loinc&system=https://lab.example.org/codes&code=GLU&targetsystem=http://loinc.org

Vráti zhody s ich ekvivalenciou. Rovnaká operácia slúži na mapovanie SNOMED CT → ICD-10, kde ich server hostuje.

$subsumes: otázky o hierarchii.

GET /CodeSystem/$subsumes?system=http://snomed.info/sct&codeA=73211009&codeB=44054006

Odpovedá subsumes (diabetes mellitus je predok cukrovky 2. typu), subsumed-by, equivalent alebo not-subsumed. Podpora rozhodovania ju používa na otázku je tento stav nejaký druh cukrovky? bez vymenovania každej podtypu.

Odpovede sú Parameters zdroje: zoznam pomenovaných častí, nie obyčajný objekt, čo prekvapí prvých volajúcich.

Servery, s ktorými sa stretnete

Servery pre terminológiu, s ktorými sa najčastejšie stretnete v praxi, sú tx.fhir.org, verejný referenčný server HL7 používaný jeho validátorom; Ontoserver od CSIRO, komerčný server za niekoľkými národnými programami; Snowstorm od SNOMED International, open source a natívny pre SNOMED CT; všeobecné FHIR servery ako HAPI FHIR a Firely Server s terminologickými operáciami; a národné servery prevádzkované zdravotníckymi agentúrami.

Server Kto Poznámky
tx.fhir.org HL7 (referenčný) Verejný, používaný validátorom HL7 a IG Publisher; LOINC, SNOMED CT (kde je licencovaný), tabuľky HL7, UCUM. Nie pre produkčnú prevádzku
Ontoserver CSIRO (Austrália) Komerčný; používaný národnými programami (Austrália, UK NHS Ontology Server, Holandsko, Belgicko); plný SNOMED CT s ECL dotazmi
Snowstorm SNOMED International Open source; natívny pre SNOMED CT s FHIR API; poháňa oficiálny prehliadač
HAPI FHIR, Firely Server, Microsoft/Google/AWS FHIR služby Predajcovia Všeobecné FHIR servery s terminologickými operáciami; načítajte si kódové systémy sami
Národné servery Ministerstvá zdravotníctva a agentúry Často Ontoserver alebo Snowstorm s národnou edíciou a lokálnymi value setmi

Obsah je ťažká časť: SNOMED CT vyžaduje licenciu mimo členských krajín, LOINC vyžaduje prijatie jeho podmienok, národné varianty ICD-10 majú vlastnú distribúciu. Server vám poskytne operácie; obsah si stále musíte legálne zaobstarať a načítať.

Ako ich aplikácie používajú

Aplikácie používajú server pre terminológiu na validáciu kódov a jednotiek pri zápise, na napájanie vyhľadávacích polí prostredníctvom $expand s textovým filtrom a hodnotovou sadou, na zobrazovanie oficiálnych názvov prostredníctvom $lookup, na mapovanie lokálnych kódov na LOINC alebo SNOMED CT na ICD-10 prostredníctvom $translate a na odvodzovanie hierarchií prostredníctvom $subsumes a Expression Constraint Language SNOMED CT.

  • Validácia pri zápise: odmietnuť Observation, ktorej LOINC kód neexistuje, alebo ktorej jednotka nie je UCUM, so správou, ktorá pomenúva problém.
  • Vyhľadávacie polia: $expand s filter pre výber diagnóz, procedúr a liekov, ohraničené value setom, takže lekári vidia iba relevantné koncepty.
  • Zobrazenie: $lookup na zobrazenie oficiálneho názvu a prekladov namiesto ukladania zobrazovacích reťazcov, ktoré zastarávajú.
  • Mapovanie: $translate na prevod lokálnych laboratórnych kódov na LOINC pri importe (ako mapovať lokálne laboratórne kódy na LOINC) alebo SNOMED CT na ICD-10 pre reporting (SNOMED CT vs ICD-10).
  • Odôvodnenie: $subsumes a SNOMED's Expression Constraint Language (ECL, podporované Ontoserverom a Snowstormom cez filtre $expand) na definovanie kohort a pravidiel podľa hierarchie.

Agresívne cachujte (terminológia sa mení dvakrát ročne, nie dvakrát denne), pripínajte verzie v produkcii a považujte výpadok servera za zhoršenú validáciu, nie za dôvod na odmietnutie každého zápisu.

V Anpheros

Anpheros Platform validuje LOINC kódy a UCUM jednotky, ktoré prijíma pre pozorovania, a ATC kódy pre lieky voči terminológii, ktorú dodáva (podmnožina LOINC a WHO ATC index), a dokumentuje svoje terminologické API na vývojárskej stránke. Pre plné prehliadanie SNOMED CT alebo ICD-10 odkazuje na oficiálne prehliadače namiesto redistribúcie licencovaného obsahu.

Súvisiace stránky

Zdroje

Časté otázky

Potrebujem terminologický server na používanie FHIR?

Nie pre malý systém s pevným zoznamom kódov. Akonáhle validujete kódy z veľkých systémov, ponúkate klinické vyhľadávanie alebo prekladáte medzi systémami, terminologický server vás ušetrí od posielania a aktualizácie terminológií sami.

Môžem použiť tx.fhir.org v produkcii?

Nie. Je to referenčný server HL7 pre validačné nástroje a testovanie, bez záruk služby a s licenčnými obmedzeniami na niektorý obsah. Prevádzkujte vlastný alebo použite národný alebo komerčný.

Čo je ECL?

SNOMED CT's Expression Constraint Language, dotazovací jazyk pre sady konceptov (napríklad << 73211009 pre diabetes a všetky jeho podtypy). Servery, ktoré ho podporujú, prijímajú ECL vo filtroch ValueSet a $expand.

Ako zistím, ktorú verziu SNOMED CT má server?

Opýtajte sa CodeSystem (GET /CodeSystem?url=http://snomed.info/sct) a prečítajte si jeho verziu, ktorá kóduje edíciu a dátum vydania (napríklad http://snomed.info/sct/900000000000207008/version/20260301). Pripojte ju vo svojich požiadavkách, keď musia byť výsledky reprodukovateľné.

Anpheros Platform

Vyskúšajte zadarmo v sandboxe

Prvé volanie FHIR za 5 minút. API podľa štandardu HL7 FHIR R4 s integrovaným súhlasom pacienta: vyskúšajte si ho v sandboxe a potom pripojte svoju vlastnú aplikáciu alebo klinický systém.

Zadarmo · 30 syntetických pacientov · bez karty

Tento návod slúži na informačné účely a nenahrádza lekársku radu. Pri rozhodovaní o svojom zdraví sa poraďte so svojím lekárom. V núdzi volajte miestne tiesňové číslo (v Európe 112).
Napísal
Tím Anpheros

Anpheros vyvíja zdravotný záznam, ktorý pacient ovláda a môže zdieľať s akoukoľvek klinikou, na platforme HL7 FHIR R4, so sídlom v EÚ. Tieto návody vám pomôžu pochopiť a usporiadať si svoje zdravie; nenahrádzajú vášho lekára.

O Anpherose →