Krátka odpoveď: OMOP Common Data Model (Observational Medical Outcomes Partnership CDM), spravovaný komunitou OHDSI, je relačná schéma, do ktorej sa prevádzajú zdravotné údaje z akéhokoľvek zdroja (EHR, nároky, registre), spolu so súborom štandardizovaných slovníkov, ktoré mapujú každý lokálny kód na štandardný koncept ID. Keď je databáza v OMOP, rovnaký analytický kód (definícia kohorty, odhad incidencie, štúdia porovnávajúca účinnosť) beží nezmenený na stovkách databáz po celom svete a zdieľajú sa iba agregované výsledky. OMOP je model pre výskum; FHIR je model pre výmenu a starostlivosť; publikované mapovanie ich spája a väčšina výskumných platforiem teraz akceptuje FHIR ako zdroj pre ich OMOP ETL.
Model na jednom obrázku
Spoločný dátový model OMOP reprezentuje všetko ako udalosť týkajúcu sa osoby počas pozorovacieho obdobia, pričom klinická oblasť určuje tabuľku: condition_occurrence pre diagnózy, drug_exposure pre lieky, measurement pre laboratórne výsledky a vitálne funkcie, procedure_occurrence, visit_occurrence, observation pre ostatné fakty, plus tabuľky person, death, note, specimen, provider a cost. Verzia 5.4 je najčastejšie používaná.
Všetko je udalosť o osobe počas obdobia pozorovania, pričom klinická oblasť rozhoduje o tabuľke:
| Tabuľka | Obsahuje | Štandardný slovník (typický) | Zdroj FHIR |
|---|---|---|---|
| person | Jeden riadok na osobu: pohlavie, dátum narodenia, rasa, etnicita, lokalita | Koncepty pohlavia, rasy, etnickej príslušnosti | Patient |
| observation_period | Obdobia, počas ktorých sa očakávajú údaje o osobe | — | Odvodené z dátumov pokrytia a návštev |
| visit_occurrence (a visit_detail) | Návštevy: hospitalizácia, ambulantná starostlivosť, pohotovosť, s dátumami | Koncepty návštev | Encounter |
| condition_occurrence | Diagnózy a problémy so začiatkom a koncom | SNOMED CT | Condition (kódy ICD mapované na SNOMED) |
| drug_exposure | Predpisy, výdaje, podania s množstvom a dňami dodávky | RxNorm (a RxNorm Extension pre neamerické lieky) | MedicationRequest, MedicationStatement, MedicationAdministration, MedicationDispense |
| procedure_occurrence | Vykonané procedúry | SNOMED CT, CPT4, ICD10PCS | Procedure |
| measurement | Laboratórne výsledky a vitálne funkcie s hodnotou, jednotkou, rozsahom | LOINC, s jednotkami UCUM | Observation (laboratórne, vitálne funkcie) |
| observation | Iné klinické fakty: anamnéza, sociálne, skóre | SNOMED CT, LOINC | Observation (iné), QuestionnaireResponse, FamilyMemberHistory |
| device_exposure | Použité zariadenia | SNOMED CT | DeviceUseStatement, Procedure |
| death | Dátum a príčina | SNOMED CT | Patient.deceased, Observation |
| note, note_nlp | Klinické poznámky a termíny extrahované NLP | — | DocumentReference, DiagnosticReport |
| specimen | Vzorky | SNOMED CT | Specimen |
| provider, care_site, location | Klinici, zariadenia, miesta | Koncepty špecializácie | Practitioner, Organization, Location |
| cost, payer_plan_period | Náklady a pokrytie | — | Coverage, Claim (ak sú k dispozícii) |
Verzia 5.4 je tá, ktorú používa väčšina lokalít; verzia 6 existuje, ale nebola široko prijatá a vývoj pokračuje na línii 5.x.
Slovníky
Štandardizované slovníky OMOP, distribuované OHDSI cez Athenu, načítavajú viac ako sto kódových systémov (SNOMED CT, LOINC, RxNorm, ICD-10, ATC a ďalšie) do tabuliek concept, concept_relationship a concept_ancestor. Každý kód sa stáva concept_id, buď štandardným, alebo namapovaným na štandardný, takže analýzy sa píšu raz, zatiaľ čo pôvodný zdrojový kód sa zachová.
Druhá polovica OMOP je Athena, distribúcia slovníkov OHDSI: viac ako sto kódových systémov (SNOMED CT, LOINC, RxNorm, ICD-10 a národné varianty, ATC, CPT, Read a mnoho ďalších) načítaných do tabuliek concept, concept_relationship, concept_ancestor. Každý kód sa stáva concept_id; každý koncept je buď štandardný (ten, ktorý analýzy používajú), neštandardný (zdrojový kód, ktorý sa mapuje na štandardný) alebo klasifikácia. ETL ukladá oba zdrojové koncepty (čo záznam uvádzal: ICD-10 E11.9) a štandardné koncepty (SNOMED 44054006), takže analýzy sú napísané raz proti štandardným konceptom, zatiaľ čo originál je zachovaný. Tabuľka concept_ancestor umožňuje kohorte požiadať o "akýkoľvek typ cukrovky" v jednom spojení. Pozrite si SNOMED CT vs ICD-10 prečo je štandardom pre stavy SNOMED CT.
ETL
ETL proces OMOP je práca konverzie zdrojovej databázy do spoločného dátového modelu, podporovaná nástrojmi OHDSI: WhiteRabbit profiluje zdroj, Rabbit-in-a-Hat dokumentuje mapovanie tabuliek, Usagi mapuje lokálne kódy na štandardné koncepty, Data Quality Dashboard kontroluje výsledok voči tisíckam pravidiel a ACHILLES charakterizuje dokončenú databázu.
Konverzia zdroja do OMOP je hlavná práca. Nástroje OHDSI pomáhajú: WhiteRabbit skenuje zdroj a profiluje ho; Rabbit-in-a-Hat dokumentuje mapovanie zo zdrojových tabuliek na tabuľky CDM; Usagi pomáha mapovať lokálne kódy na štandardné koncepty; Data Quality Dashboard kontroluje výsledok proti tisícom pravidiel; ACHILLES charakterizuje databázu. Typické rozhodnutia: ako sa definujú návštevy, ako sa záznamy o liekoch stávajú expozíciami s dňami dodávky, ako sa normalizujú jednotky, čo robiť s kódmi, ktoré nemajú štandardné mapovanie, a ako riešiť aktualizácie (plné preťaženie vs. inkrementálne).
Analýza naprieč sieťou
Analýza naprieč sieťou OHDSI funguje tak, že sa štúdia napíše raz a spustí sa všade: výskumníci definujú kohorty v ATLAS, vykonávajú odhad a predikciu pomocou R balíkov HADES a balia analýzu ako kód, ktorý každé miesto vykonáva lokálne na svojej vlastnej OMOP databáze, pričom sa zdieľajú iba agregované výsledky. DARWIN EU a EHDEN nasledujú tento model.
ATLAS je webový nástroj, kde výskumníci vytvárajú definície kohort (ľudia s stavom X, vystavení lieku Y, v časových oknách), charakterizujú ich a spúšťajú štúdie odhadu a predikcie s balíkmi R HADES (CohortMethod, PatientLevelPrediction, SelfControlledCaseSeries). Sieťová štúdia balí analýzu ako kód; každá lokalita ju spustí lokálne na svojej OMOP databáze a zdieľa agregované výsledky; nikto nezdružuje údaje na úrovni záznamov. Takto komunita OHDSI rýchlo produkovala rozsiahle medzinárodné štúdie počas pandémie a je to model za sieťou DARWIN EU EMA a projektom EHDEN, ktorý previedol viac ako sto európskych databáz do OMOP.
FHIR do OMOP
FHIR sa mapuje na OMOP na dvoch úrovniach: zdroje na tabuľky a prvky na stĺpce, pričom FHIR kódy sa prekladajú cez slovníky OMOP na štandardné koncepty. Implementačný sprievodca FHIR na OMOP od HL7 a pracovná skupina FHIR OHDSI publikujú mapovania; niekoľko platforiem spúšťa ETL priamo zo FHIR servera alebo pomocou hromadného exportu dát.
FHIR a OMOP odpovedajú na rôzne potreby: FHIR prenáša záznam jedného pacienta medzi systémami s plnými detailmi; OMOP splošťuje záznamy mnohých pacientov pre štatistickú analýzu. Mapovanie je prirodzené na úrovni zdrojov (tabuľka vyššie) a detailné na úrovni prvkov: FHIR kódy sa mapujú cez slovníky OMOP na štandardné koncepty; Observation.valueQuantity sa stáva measurement value_as_number s unit_concept_id; Encounter.class sa stáva visit_concept_id. Sprievodca implementáciou FHIR do OMOP HL7 (prostredníctvom akcelerátora Vulcan) a pracovná skupina FHIR OHDSI publikujú mapovania a referenčné implementácie; niekoľko platforiem spúšťa ETL priamo zo FHIR servera alebo z hromadného exportu dát. Zostávajú nejednoznačnosti tam, kde je FHIR bohatší (viacero kódovaní, stavov, pôvodu) alebo kde OMOP potrebuje to, čo FHIR nemá (dni dodávky, obdobia pozorovania).
Čo OMOP nie je
OMOP nie je formát pre starostlivosť a sám o sebe nie je anonymný: vynecháva naratív, zjednodušuje stavy a neobsahuje súhlas, pôvod alebo pracovný postup, takže FHIR zostáva výmenným formátom a OMOP databáza stále obsahuje údaje na úrovni záznamov, ktoré musia byť spravované ako každá zdravotná databáza, zvyčajne s pseudonymizovanými ID osôb v bezpečnom prostredí.
Nie je to formát pre starostlivosť: vynecháva naratív, splošťuje stavy a neprenáša súhlas, pôvod alebo pracovný postup. Nie je sám o sebe anonymný: OMOP databáza obsahuje údaje na úrovni záznamov a riadi sa ako každá zdravotná databáza, zvyčajne s pseudonymizovanými identifikátormi osôb a v bezpečných prostrediach. Pozrite si Sekundárne použitie zdravotných údajov a Deidentifikácia zdravotných údajov.
V Anpheros
Záznamy Anpheros sú FHIR R4 so štandardnými kódmi (LOINC, SNOMED CT, ATC, ICD-10), čo je vstup, ktorý OMOP ETL potrebuje; so súhlasom pacienta na výskumný účel môžu pseudonymizované FHIR extrakty napájať ETL výskumnej platformy. Anpheros sám počíta iba agregované populačné signály nad skupinami 20 alebo viac a neprevádzkuje OMOP databázu na identifikovaných údajoch.
Súvisiace stránky
- Sekundárne použitie zdravotných údajov: mapa
- SNOMED CT vs ICD-10
- Deidentifikácia zdravotných údajov
- Vysvetlenie exportu hromadných dát FHIR
- Vysvetlenie terminologických serverov
- RxNorm vs ATC
Zdroje
- OHDSI: OMOP Common Data Model
- OHDSI: The Book of OHDSI
- OHDSI Athena: štandardizované slovníky
- OHDSI: ATLAS
- HL7 Vulcan: Sprievodca implementáciou FHIR do OMOP
- Projekt EHDEN
- EMA: DARWIN EU
Časté otázky
Je OMOP náhradou za FHIR?
Nie. FHIR vymieňa detailný záznam jedného pacienta medzi systémami; OMOP štrukturuje záznamy mnohých pacientov pre štatistickú analýzu. Výskumné platformy prijímajú FHIR (alebo iné zdroje) a produkujú OMOP.
Ktorú verziu OMOP by som mal použiť?
5.4 je široko nasadená verzia s plnou podporou nástrojov; väčšina nových konverzií ju cielí. Verzia 6 zaviedla zmeny, ktoré komunita neprijala široko.
Prečo OMOP mapuje kódy ICD na SNOMED CT?
Aby sa analýzy mohli napísať raz proti jedinému, hierarchickému štandardnému slovníku pre stavy, bez ohľadu na to, či zdroj používal kódy ICD-10, ICD-10-CM, ICD-9-CM alebo Read. Zdrojový kód je zachovaný vedľa.
Je OMOP databáza anonymná?
Nie sama o sebe. Obsahuje údaje na úrovni záznamov, zvyčajne s pseudonymizovanými identifikátormi a bez priamych identifikátorov, a musí byť chránená a riadená ako každá zdravotná databáza, zvyčajne v rámci bezpečného prostredia.
Vyskúšajte zadarmo v sandboxe
Prvé volanie FHIR za 5 minút. API podľa štandardu HL7 FHIR R4 s integrovaným súhlasom pacienta: vyskúšajte si ho v sandboxe a potom pripojte svoju vlastnú aplikáciu alebo klinický systém.
Zadarmo · 30 syntetických pacientov · bez karty
Anpheros vyvíja zdravotný záznam, ktorý pacient ovláda a môže zdieľať s akoukoľvek klinikou, na platforme HL7 FHIR R4, so sídlom v EÚ. Tieto návody vám pomôžu pochopiť a usporiadať si svoje zdravie; nenahrádzajú vášho lekára.
O Anpherose →